1回目から2回目もしくは3回目接種の間に、別の市区町村に引っ越しました。どこの市区町村を選んで発行すれば良いですか。

それぞれの市区町村を選んで別々に発行手続きを行ってください。ひとつのアプリに市区町村ごとの接種証明書を保存し表示できます。 ただし、各市区町村から発行される証明書には市区町村で行った最終接種回数が表示されます。そのため、接種が3回完了したことだけを証明したい場合、3回目分の証明書だけでも提示先の要件を満たせる場合があります。